El país incursiona en la bioinformática

El clúster Nelly, propiedad de la Universidad de Costa Rica, será el soporte técnico y computacional con el que el país cuenta para adentrarse en el campo de la bioinformática (foto Archivo de la ODI).

Con el apoyo del clúster Nelly de la Universidad de Costa Rica (UCR),  el país  se convertirá en el motor que impulse la Red Centroamericana en Bioinformática y la primera infraestructura americana en este campo dentro de la llamada red Clara, que interconectará varios países latinoamericanos con España.

Así lo informó el Dr. Allan Orozco Solano, un costarricense que es el gerente general del Instituto Nacional de Bioinformática, del Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas de España, director de la naciente Red  Centroamericana en Bioinformática y asesor de la Escuela de Medicina de la UCR en cuanto al funcionamiento del Laboratorio de Investigación en Bioinformática (BREL).  El clúster Nelly, uno de los más grandes de Centroamérica y del Caribe, fue donado por la empresa Microsoft a la UCR en el 2011 y se encuentra instalado en el Centro de Informática y funciona como soporte técnico de BREL.

La bioinformática es una nueva y valiosa disciplina científica, que aglutina y potencia a la biología, la medicina, la química, la bioquímica, la matemática, la agronomía, la farmacéutica y la informática, entre otras y que ha ido generando especialidades como la genómica, la proteómica y la metabolómica.

El Dr. Ricardo Boza, director de la Escuela de Medicina, dijo que apoyan el fortalecimiento de la bioinformática en el país y en la región centroamericana y latinoamericana (foto Laura Rodríguez).

Se trata de una plataforma tecnológica, con novedosas técnicas para almacenar, buscar e interpretar datos genéticos y comprender los complejos problemas que enfrentan los investigadores en diferentes campos y en especial las ciencias médicas para buscar una salida a enfermedades como el cáncer.

El Dr. Ricardo Boza, director de la Escuela de Medicina de la UCR, considera que es

“una ciencia complementaria e independiente que impulsa la integración de las ciencias biológicas, médicas y la informática, no como una suma de disciplinas, sino un concepto que fusiona, integra y amplia los límites de cada una de ellas y se extiende más allá”, expresó durante la inauguración del I Congreso Internacional de Bioinformática y Biología de Sistemas, OMICS integrativas: medicina molecular, biodiversidad y medio ambiente.

El Dr. Allan Orozco Solano informó que está haciendo esfuerzos para traer al país la Maestría en Biología Molecular (foto Laura Rodríguez).

Esta actividad se lleva a cabo en el Hotel San José Palacio, organizado por la Escuela de Medicina de la UCR, con el apoyo de la Universidad EARTH.  Se inició el 28 de marzo y concluirá este viernes 30 de marzo, con la participación de 26 especialistas nacionales e internacionales quienes tienen experiencia en la bioinformática. 

Entre ellos el Dr. Steve Patton, director de Bioinformática del Smithsonian Institute, el Dr. Pablo Sobrado, del Virginia Tech, el Dr. Munevver Mine Subasi del Florida Institute of Technology,  la Dra. Valentina Kovaleva de la Universidad de Heidelberg, Alemania, el Dr. José Valverde, director de computación científica del Centro Nacional de Biotecnología de España y el Dr. David Judge, del  Laboratorio de Bioinformática de la Universidad de Cambridge, Inglaterra.

De América Latina participan el Dr. David Holmes, director del Centro de Bioinformática y Genómica de Chile, el Dr. Emiliano Barreto, director del Centro de Bioinformática de la Universidad Nacional de Colombia y el Dr. Ignacio Sánchez, codirector del Proteín Physiology Lab. de la Universidad de Buenos Aireas, Argentina.

En el congreso participan estudiantes universitarios, representantes de la empresa privada, y 26 especialistas en bioinformática nacionales e internacionales (foto Laura Rodríguez).

En busca de trabajo conjunto

El Dr. Allan Orozco, coordinador del congreso, informó que en una reciente reunión celebrada en Brasil, invitado por la red CLARA, los participantes tomaron la decisión de generar la primera infraestructura americana en bioinformática, como una forma de llenar el vacío en este campo e incrementar los índices de participación tecnológica en estas áreas.

Esta iniciativa es liderada por Costa Rica, con el apoyo de la Comunidad Económica Europea, el Ministerio de Ciencia y Tecnología (Micit), las universidades estatales y la empresa privada costarricense.

El Dr. Keylor Rojas Jiménez, viceministro de Ciencia y Tecnología, motivó a los participantes a integrarse al trabajo que el país debe desarrollar en la investigación en bioinformática (foto Laura Rodríguez).

En ese proyecto participarían Chile, Argentina, Brasil, Uruguay, Centroamérica y España, entre otros.

Aunque el Dr. Orozco reconoce que este proyecto representa un gran reto, considera que su experiencia en España le ayudará a llevarlo adelante y así darle un impulso a la bioinformática en la región.

El especialista considera que para profundizar en este campo, Costa Rica requiere infraestructuras computacionales adecuadas, capacitar a sus médicos en  lo que es la bioinformática, impulsar la generación de software y modelar sistemas de algoritmos de computación, que muestren las diferentes etapas y procesos que se puedan ejecutar  y hacer un fuerte trabajo en programación informática.

El Dr. Rodrigo Mora, investigador de la UCR, expuso en el congreso su trabajo sobre cáncer, empleando las técnicas de la bioinformática (foto Laura Rodríguez).

En el país “tenemos excelentes bases de software, excelente médicos y biólogos moleculares y otros profesionales muy capacitados, podemos comenzar a desarrollar programas como estos. No solo generarlos, sino proyectarnos en su utilización para beneficio del ser humano, creo que es necesario que haya impacto a nivel social con esta investigación, que no se quede en la academia, porque es una responsabilidad de nosotros que esa proyección social se lleve a cabo”, expresó.

”Debemos favorecernos entre todos, aquí hay muchos profesionales que deben participar en esto y hay que valorar el trabajo del compañero, del especialista en el trabajo experimental, solo así nos podemos integrar en la bioinformática”, reafirmó.

El Dr. Ricardo Boza dijo que desde hace un año cuando la UCR recibió el equipo donado, la Escuela de Medicina impulsó la creación de una red nacional y otra centroamericana en este campo. Además crearon la Maestría en Bioinformática a partir de este año.

El viceministro de Ciencia y Tecnología, Dr. Keylor Rojas Jiménez, en el acto de inauguración del congreso, afirmó que el país requiere para avanzar en bioinformática la participación no solo de las universidades estatales, sino también de la empresa privada. “Lo importante es que nos pongamos a trabajar juntos, tenemos suficiente potencial como para poder asumir el reto de hacer o participar en redes de trabajo de este tipo”, manifestó.

Cómo se inició la bioinformática

Al explicar el surgimiento de esta novedosa disciplina multidisciplinaria, el Dr. Allan Orozco comentó que el avance en el conocimiento de la molécula del ADN, en la forma cómo se caracterizó y se estructuró, permitió entretejer una serie de líneas de investigación y a medida que se profundizó en el conocimiento genético se fue acumulando más información, que demandó nuevos recursos computacionales para gestionar esa gran cantidad de información biológica.

Según lo explicó a partir de la localización de genes a nivel molecular, de sus estructuras cromosómicas y la vinculación de estos con las enfermedades, la informática fue metiéndose en esto y ganando terreno, se creó el área de la biomedicina computacional en el área de la medicina molecular y se han podido crear bases de datos biológicas estructuradas y caracterizadas, detalló el especialista. Informó que actualmente en Europa se emplean máquinas como las llamada HigSeq y las MySeq que son capaces de procesar un genoma completo en 24 horas.

La necesidad de ganar tiempo y de facilitarle al investigador el procesamiento de datos ha llevado a desarrollar programas computacionales con lenguajes de alto nivel que se emplean en Europa para facilitar la identificación de patrones de información genéticos, y técnicas adecuadas para encontrar y extraer esa información y poder aplicarla en el área de la Medicina Molecular y en el área clínica, comentó Orozco. Incluso se han generado modelos de predicción computacional con base en algoritmos de análisis de ese conjunto de información, para aplicar en la clínica médica, el diagnóstico y la terapia, agregó.