Se firma el decreto que transformó la Casa de Enseñanza de Santo Tomás en una universidad, se comenzaron a gestar los orígenes de la Universidad de Costa Rica.
A finales del siglo XIX Costa Rica era un país oligárquico y liberal; por este motivo sus políticas centraron su atención solamente en la instrucción primaria; tanto, que, después de 45 años de funcionamiento, en el año 1888, se decretó el cierre de la Universidad de Santo Tomás. Este mismo decreto estableció la creación de las escuelas superiores de Derecho y Notariado, de Medicina y de Ingeniería. Más adelante fueron creadas las escuelas de Farmacia y la de Bellas Artes, ambas en 1897.
A partir de la década de 1890 la educación superior del país estuvo representada por las escuelas profesionales y facultades que funcionaron bajo la dirección de los colegios profesionales respectivos, debido a la ausencia de una entidad superior que las agrupara. En las primeras décadas del siglo XX surgieron propuestas para crear una universidad, pero la política reinante del país lo impidió. Es hasta la década de 1940, en una coyuntura de reformismo en Costa Rica, en la que Luis Demetrio Tinoco figura como una de las principales personas que impulsó la creación inmediata la Universidad de Costa Rica. Así, bajo el gobierno de Rafael Ángel Calderón Guardia, mediante la ley N° 362, se crea oficialmente la Universidad de Costa Rica y nace como una institución docente y de cultura superior.
El 7 de marzo de 1941 la Universidad de Costa Rica abrió sus puertas en el céntrico barrio capitalino González Lahmann, con 719 estudiantes matriculados.
Está estructurada de manera tripartita por la Asamblea Universitaria, el Consejo Universitario y la Rectoría. Ya desde su comienzo la autonomía con la que hoy cuenta la universidad era parte de su modelo organizativo , soñada así por Luis Demetrio Tinoco, y se indicaba en el artículo 4 de su ley constitutiva que buscaba la autonomía del gobierno, administrativa y financiera. Desde un principio se propuso el estatus de la universidad como pública, por ser un servicio que garantiza la igualdad de oportunidad del acceso a la educación y que está ligado a la democracia.
Varios académicos como Carlos Monge Alfaro, Abelardo Bonilla Baldares y Rodrigo Facio Brenes se preocuparon de la desarticulación de las escuelas de la Universidad; es así como en ese año se realiza el Primer Congreso Universitario. El resultado fundamental de esta actividad fue la creación de la Facultad de Humanidades, que fungiría como ente unificador y articulador de la institución.
La construcción de la Universidad seguía avanzando, por lo que en 1956 se comenzó el proyecto de erigir una ciudad universitaria en San Pedro de Montes de Oca. La Facultad de Ingeniería fue la primera de la que se construyó el pabellón.
Como resultado de las discusiones de los años anteriores, en 1957 la Universidad se definió a sí misma como “de cultura general humanística” y su organización se da por las siguientes tres secciones: Humanidades (ciencias y letras), facultades o escuelas profesionales y la Facultad de Estudios Superiores.
Más adelante, cuando se lleva a cabo el Tercer Congreso Universitario en 1973, se propone la regionalización de la institución, siendo Carlos Monge Alfaro uno de los impulsores más importantes; esto se concreta con la apertura del Centro Regional de San Ramón (Sede de Occidente, como se le conoce hoy), cuyo nombre es Ciudad Universitaria Carlos Monge Alfaro. Posteriormente expandió sus horizontes regionales mediante la Sede del Atlántico, Sede de Limón, Sede de Guanacaste y Sede del Pacífico.
De la discusión de este congreso surgió la creación de la Vicerrectoría de Investigación; y en 1974 es creada la Vicerrectoría de Acción Social, que abarca tres áreas: el servicio social por parte del estudiantado (Trabajo Comunal Universitario), la extensión cultural de la Universidad y la divulgación del quehacer universitario a través de diversos medios de comunicación.
La Vicerrectoría de Acción Social actualmente engloba programas comprometidos e interesados con diversidad de poblaciones: el Centro Infantil Laboratorio, creado en 1984 y que atiende a los hijos de estudiantes, funcionarios y residentes de la comunidad; el Programa Integral para la Persona Mayor, creado en 1986; el Programa de Etapa Básica de Artes Musicales, que otorga el título de VAU-2 a niños y jóvenes con aptitudes que ingresen y se gradúen de este programa; y el Programa de Educación Continua, que realizan varias facultades con el fin de continuar la formación y actualización de conocimientos para los profesionales.
En la década de los 80 los esfuerzos en la labor investigativa son notorios; se crean 11 unidades de investigación.
Posteriormente, cuando arriban los años noventa, la UCR se destaca en el campo de Internet siendo pionera en la región centroamericana y caribeña. El papel de la regionalización también ha sido importante en cuanto al enriquecimiento de la Universidad de Costa Rica, pues se crearon nuevas carreras propias de las sedes, entre las que están Informática Empresarial, Laboratorista Químico y Turismo Ecológico.
La Universidad de Costa Rica es declarada por la Asamblea Legislativa como Institución Benemérita de la Educación y la Cultura de Costa Rica, mediante el decreto n° 8098.
Es esta primera década del nuevo milenio la Universidad se destaca por su vínculo con el sector productivo mediante la transferencia tecnológica de la investigación que se realiza en sus centros, institutos, laboratorios y estaciones experimentales. También por su expansión en los proyectos de acción social, sobre todo el Trabajo Comunal Universitario, la educación continua y la extensión cultural en diversos puntos del país.
Continúa el Alma Mater ejerciendo su papel social con la participación en luchas como la del Combo del ICE, la del Tratado de Libre Comercio, la minería a cielo abierto, entre otras y a través de sus medios de comunicación: Radioemisoras UCR, el Semanario Universidad y el Canal UCR, fortaleciendo la opinión ciudadana y abriendo espacios culturales alternativos.
Acorde con el desarrollo tecnológico mundial, la Universidad desarrolla sus plataformas digitales al servicio de su población estudiantil y administrativa, con sistemas modernos para la gestión de matrícula, admisión y becas. Las publicaciones digitales también se fortalecen, así como repositorios que facilitan la búsqueda bibliográfica.
En el último quinquenio la Universidad ha ampliado tanto su oferta académica como sus cupos de admisión, para dar oportunidad a más jóvenes de ingresar a la institución y desempeñarse profesionalmente en las carreras que el país requiere. Asimismo, ha mejorado y aumentado considerablemente su infraestructura con la construcción de varios edificios en la Ciudad de la Investigación y en el campus Rodrigo Facio, entre los que se destacan el Lanamme, el Planetario, la Escuela de Ingeniería Eléctrica, la Facultad de Ciencias Sociales, el edificio de Educación Continua y la Plaza de la Libertad de Expresión.
La Universidad de Costa Rica está entre las 500 mejores universidades del mundo. Pasó en el 2018 del rango 471-480 registrado en el 2017, al rango 411-420, mejorando 60 posiciones, según “Clasificación mundial de universidades QS del 2018”.
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